Prvé vlaky na Jáve

Nástupište prvej stanice Holandskej Východnej Indie inicioval v roku 1864 generálny guvernér Holandska na území strednej Jávy v Semarangu. Holandská Východná India bola po Indii druhou krajinou v Ázii, ktorá zaviedla železničnú dopravu. Nasledovali Čína a Japonsko. Prvá stanica začala svoju prevádzku 10. augusta 1867 a spojila stanice Semarang s Tanggungom v dĺžke 25 kilometrov.

Liberálna holandská vláda najprv dala priestor súkromným podnikom na vybudovanie železničných tratí, avšak tie nedokázali zaručiť dostatočnú návratnosť investícií a tak holandské ministerstvo nakoniec schválilo systém štátnych železníc siahajúcich od západu po východ Jávy. Po tom, čo Holandská Východná India začala s výstavbou železníc naplno, súkromné podniky úplne nezmizli a ostali ako regionálne vedľajšie trate. Prvá linka spájajúca východ so západom bola prepojená v roku 1894 medzi mestami Bogor (na východe) a Surabaya (na západe).

Najväčší rozmach zažili železnice na Jáve v 20. rokoch 20. storočia. Trate slúžili najmä na prepojenie miest s cukrovými plantážami, továrňami a prepravu poľnohospodárskych produktov. V tomto období sa začali trate využívať aj na verejnú dopravu. Veľká hospodárska kríza v 30. rokoch 20. storočia zničila plány na výstavbu železničných tratí na Borneu, prepojenie tratí na Sumatre a elektrifikáciu tratí na Jáve.

Väčšina železničných tratí mala pre Holandskú Východnú Indiu dvojaký účel: ekonomický a strategický. Podmienkou holandského kráľa pre prispievanie na budovanie tratí bolo prepojenie vojenských základní. Počas japonskej okupácie v rokoch 1942 až 1945 boli železničné trate na Jáve spravované ako jeden celok.
Od nezávislosti v roku 1945 prevzala riadenie železníc vláda založením Ministerstva železníc Indonézskej republiky (DKA) a v roku 1971 sa úplne všetky znárodnili. Štátny podnik Kereta Api Indonesia (KAI) v posledných rokoch oživil železničnú dopravu a reaktivoval značný počet tratí. Geografia krajiny však nepraje rozširovaniu železníc a doteraz sa sieť sústreďuje len na Jávu a Sumatru.

Indonézska železničná sieť sa postupne stáva nevyhnutým dopravným prostriedkom, preto krajina v súčasnosti rozširuje svoju sieť s ambíciou dosiahnuť do roku 2030 viac ako 10 tisíc kilometrov tratí z aktuálnych necelých 7 tisíc kilometrov.